Khi đã có được chứng nhận HACCP thì các chúng ta hoàn toàn có thể nghĩ tới những lợi ích mà doanh nghiệp có thể có sau khi cầm chứng chỉ HACCP trong tay. Đó là:

Về mặt thị trường:

• Nâng cao được uy tín và hình ảnh của doanh nghiệp với khách hàng với việc được bên thứ ba chứng nhận sự phù hợp của hệ thống HACCP.
• Nâng cao năng lực cạnh tranh nhờ nâng cao sự tin cậy của người tiêu dùng với các sản phẩm của doanh nghiệp.
• Phát triển bền vững nhờ đáp ứng các yêu cầu của cơ quan quản lý vệ sinh an toàn thực phẩm và cộng đồng xã hội.
• Cải thiện cơ hội xuất khẩu và thâm nhập thị trường quốc tế yêu cầu chứng chỉ như là một điều kiện bắt buộc.
• Giảm thiểu các yêu cầu với việc thanh kiểm tra của các đơn vị quản lý nhà nước.

Về mặt kinh tế:

• Giảm thiểu chi phí gắn liền với các rủi ro về việc thu hồi sản phẩm và bồi thường thiệt hại cho người tiêu dùng.
• Giảm thiểu chi phí tài chế và sản phẩm hủy nhờ cơ chế ngăn ngừa phát hiện các nguy cơ về an toàn thực phẩm từ sớm.

Về mặt quản lý rủi ro:

• Thực hiện tốt việc đề phòng các rủi ro và hạn chế thiệt hại do rủi ro gây ra.
• Điều kiện để giảm chi phí bảo hiểm.
• Dễ dàng hơn trong làm việc với bảo hiểm về tổn thất và bồi thường.
• Tạo cơ sở cho hoạt động chứng nhận, công nhận và thừa nhận:
• Được sự đảm bảo của bên thứ ba.
• Vượt qua rào cản kỹ thuật trong thương mại.
• Cơ hội cho quảng cáo, quảng bá.

Lợi ích trông thấy, tuy nhiên hiện nay ở nước ta vẫn chưa có nhiều doanh nghiệp đạt được chứng chỉ HACCP. Nguyên nhân có nhiều cả về chủ quan lẫn khách quan.

Tiêu chuẩn HACCP do CODEX hướng dẫn mới đưa vào nước ta và sản xuất thực phẩm của các cơ sở trong nước vẫn còn manh mún, chủ yếu là thủ công và bán thủ công thì đây quả là thách thức đối với các doanh nghiệp. Bởi lẽ, chương trình quản lý chất lượng được coi là tiền quyết bắt buộc phải tuân thủ như GMP, SSOP, chưa được phổ biến ở nước ta, cho dù đây là việc làm đương nhiên của cơ sở chế biến thực phẩm ở nước ngoài. Sở dĩ các chương trình quản lý chất lượng thực phẩm chưa được thực hiện tập trung vào nguyên nhân: hiệu lực văn bản quy phạm pháp luật còn chưa được các doanh nghiệp nghiêm túc thực hiện. Mặt khác, nhiều doanh nghiệp chế biến còn chưa chú ý tới lĩnh vực đầu tư xây dựng cơ sở vật chất, đồng thời nhận thức của ban lãnh đạo về vệ sinh an toàn thực phẩm còn hạn chế.

. Giá tư vấn cho một doanh nghiệp có nhu cầu thực hiện HACCP hiện nay vào khoảng trên dưới 5.000USD. Đó là chỉ tính chi phí cho dịch vụ tư vấn. Bởi vì trong quá trình thực hiện HACCP, để đáp ứng được nhu cầu khắt khe của việc đảm bảo chất lượng vệ sinh an toàn thực phẩm theo các tiêu chuẩn, tiêu chí của HACCP, doanh nghiệp sẽ còn phải tốn kém nhiều hơn do phải đầu tư trang thiết bị, nhà xưởng cho phù hợp